Del monestir actual, el que conserva més l'encant evocador, és el claustre. Situat al centre de l'edificació monàstica, tocant a l'església per la cara del sud, el claustre és un recer suau, una pinzellada d'exquisida humanitat en un quadre d'estructura severa. El cel, a través dels quaranta-vuit arcs que formen les quatre cares del claustre, s'endevina benigne i nítid. Les columnes que serveixen de suport als arcs són gràcils, estilitzades i acaben amb capitells. Traspassant el pedrís que serveix de línia de sustentació de les columnes, un es troba dins el jardí del monestir. Un jardí senzill i descurat. Al centre, el pou on es retraten totes les colles d'homes i joves que van a fer exercicis espirituals al monestir. Una colla que no es faci retratar a la vora del pou sembla que no hagi acomplert exactament les directrius de sant Ignasi, si be cal tenir en compte que desconeixem les opinions de sant Ignasi envers les màquines de retratar.
Les quatre cares del claustre, que donen a dependències importants del monestir, són un enfilall d'urnes que contenen les despulles d'abats i d'alguns senyors de l'Edat Mitjana que van escollir el monestir com a última estada terrenal. Relleus, escuts i altres motius esculpits a les parets interiors són una lliçó continua d'història monacal.