1
L'abadessa Emma va morir l'any 942 i va ser substituïda per una altra de la qual no es coneixen dades. En total, el monestir en va tenir sis més. L'any 1017, Bernat, Bernat Tallaferro, que volia annexionar-se els territoris controlats per l'abadia, va aconseguir que el Papa emetés una butlla que suprimia la comunitat de religioses. El motiu al·ludit va ser la suposada vida díscola de la comunitat. Probablement aquest fet va donar origen a la llegenda del comte Arnau. Després de la dissolució de la comunitat femenina, Tallaferro va unir el monestir al bisbat de Besalú i hi va col·locar una comunitat de frares.
Entre 1083 i 1114 Sant Joan va quedar annexionat al monestir de Sant Víctor de Marsella, que hi va col·locar de nou una comunitat femenina d'origen grec. La intervenció del Papa el 1114 va permetre a la comunitat de canonges agustinians tornar a Sant Joan de forma definitiva. En aquesta etapa, fins al 1484, va ser regit per abats del país. Del 1458 al 1581 ho fou per abats comendataris (bisbes i cardenals). El monestir va ser secularitzat el 1592 i es va convertir en una simple col·legiata que es va suprimir el 1856.
Es conserva un claustre d'estil gòtic, iniciat al 1442 per Joan Bar i Joan Girard. En un dels seus laterals, hi resten quatre arcs de l'original claustre romànic del segle XII. Situats al davant, per tant, en el lloc segons la tradició oral afirmava que entrava el comte Arnau al monestir, podem llegir la part del poema de Maragall en què el comte visita l'abadessa.
